Οι δικαιούχοι που λαμβάνουν χρηματοδότηση για το μη επιλέξιμο Φ.Π.Α. δύναται να μην επιστρέψουν τη χρηματοδότηση αυτή μόνο στην περίπτωση συμψηφισμού με αντίστοιχες χρηματοδοτήσεις του φορέα εκτέλεσης/χρηματοδότησης από εθνικούς πόρους του Προγράμματος Δημοσίων Επενδύσεων (ΠΔΕ) σύμφωνα με τα οριζόμενα:
α. Η αρμόδια αρχή διαχείρισης εκδίδει βεβαίωση αναφορικά με το ύψος του προς ανάκτηση/συμψηφισμό Φ.Π.Α., όπως προκύπτει από την παρ.6 του άρ.3 της παρούσης.
Προϋπόθεση για την υποβολή αιτήματος συμψηφισμού από το δικαιούχο αποτελεί η ύπαρξη ποσού ΦΠΑ προς συμψηφισμό μεγαλύτερου του 1.000.000 ευρώ.
Ο δικαιούχος της χρηματοδότησης υποβάλλει αίτημα πληρωμής για συγκεκριμένο έργο/έργα του εθνικού σκέλους του Π.Δ.Ε. προς το φορέα χρηματοδότησης επισυνάπτοντας την ανωτέρω βεβαίωση από την αρχή διαχείρισης και ταυτόχρονα αιτείται το συμψηφισμό του προς πληρωμή ποσού με το ποσό που προκύπτει από τη σχετική βεβαίωση.
Ο φορέας χρηματοδότησης εξετάζει το αίτημα συμψηφισμού και δύναται να το εγκρίνει ή να το απορρίψει λαμβάνοντας υπόψη το σύνολο των στοιχείων που υποβάλλει ο δικαιούχος.
Σε περίπτωση έγκρισης του αιτήματος συμψηφισμού, ο φορέας χρηματοδότησης υποβάλλει πρόταση έγκρισης πιστώσεων έργου/έργων Συλλογικής Απόφασης εθνικού σκέλους του ΠΔΕ προς τη Διεύθυνση Δημοσίων Επενδύσεων (ΔΔΕ) του Υπουργείου Οικονομίας και Ανάπτυξης, επισυνάπτοντας το εγκεκριμένο αίτημα συμψηφισμού. Η ΔΔΕ δύναται να εισηγηθεί την έγκριση της σχετικής πρότασης του φορέα χρηματοδότησης για συμψηφισμό του μη επιλέξιμου Φ.Π.Α. με χρηματοδοτήσεις έργου/έργων από το εθνικό σκέλος του ΠΔΕ.
β. Προϋπόθεση για την υποβολή της σχετικής πρότασης προς τη ΔΔΕ είναι να υφίσταται ήδη εγκεκριμένη Συλλογική Απόφαση για το έργο/τα έργα. Το Υπουργείο Οικονομίας και Ανάπτυξης τροποποιεί τη σχετική Συλλογική Απόφαση (ΣΑ), ώστε να αποτυπώνονται οι πιστώσεις του έργου/έργων από κρατικούς πόρους και πόρους από συνεισφορά. Σε Ειδική Διάταξη στη ΣΑΕ θα αναγράφεται ρητά ότι η συνεισφορά αφορά πόρους από συμψηφισμό βάση της παρούσας κοινής υπουργικής απόφασης.
Από τον συμψηφισμό του μη επιλέξιμου ΦΠΑ αυξάνεται το όριο του κρατικού προϋπολογισμού του οικείου φορέα σε βάρος του ορίου άλλων φορέων, έτσι ώστε το συνολικό ψηφισμένο όριο του ΠΔΕ (Εθνικό σκέλος) να παραμείνει αμετάβλητο.
γ. Η χρηματοδότηση των πιστώσεων της ανωτέρω αναφερόμενης ΣΑ (κρατικές ή από συνεισφορά) ακολουθεί τη διαδικασία που διέπει το Εθνικό ΠΔΕ και εφαρμόζονται κατ' αναλογία οι σχετικές διατάξεις του θεσμικού πλαισίου. Προϋπόθεση για την έκδοση απόφασης χρηματοδότησης από εθνικούς πόρους ΠΔΕ από το φορέα χρηματοδότησης αποτελεί η κατάθεση του προς συμψηφισμό ποσού από το δικαιούχο στο λογαριασμό 2348001 «Ελληνικό Δημόσιο - Συνεισφορές φορέων για την εκτέλεση έργων ανασυγκρότησης» με IBAN GR 27 010 0023 0000000002348001 που τηρείται στην Τράπεζα της Ελλάδος. Το αποδεικτικό της κατάθεσης κοινοποιείται στη Διεύθυνση Δημοσίων Επενδύσεων του Υπουργείου Οικονομίας και Ανάπτυξης.
δ. Μετά την καταβολή του προς συμψηφισμό ποσού στο λογαριασμό συνεισφορών, ο φορέας χρηματοδότησης εκδίδει τη σχετική απόφαση διάθεσης πίστωσης, στην οποία αποτυπώνεται αναλυτικά το συνολικό ποσό χρηματοδότησης, το ποσό του προς συμψηφισμό Φ.Π.Α. και το πληρωτέο ποσό χρηματοδότησης κατόπιν συμψηφισμού. Το έγγραφο αυτό κοινοποιείται στη ΔΔΕ του Υπουργείου Οικονομίας και Ανάπτυξης, την αρμόδια ΔΑ/ ΕΦΔ/ΕΔΑ, τη Διεύθυνση Λογαριασμών του Δημοσίου του Υπουργείου Οικονομικών καθώς και το δικαιούχο.
ε. Για τη χρηματοδότηση του δικαιούχου μέσω της διαδικασίας των συνεισφορών, ο φορέας χρηματοδότησης υποβάλλει στη ΔΔΕ αίτημα για χρηματοδότηση συγκεκριμένου έργου από πόρους συνεισφοράς. Η ΔΔΕ αποστέλλει εντολή χρηματοδότησης του έργου στην Τράπεζα της Ελλάδος με χρέωση του λογαριασμού 2348001 και ισόποση πίστωση του λογαριασμού του έργου.
Το προς κατάθεση ποσό ΦΠΑ που ανακτήθηκε από το φορέα προσδιορίζεται σε ετήσια βάση σύμφωνα με τη διαδικασία που προβλέπεται στην παρ.3 του άρ.3 της παρούσης.