Η δαπάνη του μη επιλέξιμου ΦΠΑ, για συγχρηματοδοτούμενες πράξεις που υλοποιούν οι φορείς που αναφέρονται στην παράγραφο α του άρθρου 1 της παρούσας, χρηματοδοτείται από το Πρόγραμμα Δημοσίων Επενδύσεων (ΠΔΕ) ως μη επιλέξιμη δημόσια δαπάνη αναγκαία για το έργο.

Η δαπάνη του μη επιλέξιμου ΦΠΑ ή μέρος αυτής, για συγχρηματοδοτούμενες πράξεις που υλοποιούν οι φορείς της παραγράφου β του άρθρου 1 της παρούσας, δύναται να χρηματοδοτείται ως μη επιλέξιμη δημόσια δαπάνη αναγκαία για το έργο με βάση τους υφιστάμενους δημοσιονομικούς περιορισμούς και προσδιορίζεται στην απόφαση ένταξης των συγχρηματοδοτούμενων πράξεων από την αρμόδια αρχή διαχείρισης (ΔΑ/ΕΦΔ/ ΕΔΑ). Για το σκοπό αυτό η αρμόδια υπηρεσία του φορέα χρηματοδότησης αποστέλλει σχετικό έγγραφο προς την αρχή διαχείρισης και στη Δ/νση Δημοσίων Επενδύσεων του Υπουργείου Ανάπτυξης Ανταγωνιστικότητας & Ναυτιλίας, μετά από αίτημα του φορέα, στο οποίο τεκμηριώνεται ότι οι υφιστάμενες ταμειακές ροές δεν επιτρέπουν την ομαλή χρηματοδότηση της συγχρηματοδοτούμενης πράξης.

Η χρηματοδότηση από το ΠΔΕ του μη επιλέξιμου ΦΠΑ στις ανωτέρω περιπτώσεις και η υποχρέωση εκκαθάρισης και επιστροφής του, αποτελεί όρο χρηματοδότησης της πράξης και περιλαμβάνεται στην απόφαση ένταξης και στο σύμφωνο αποδοχής όρων.

Το ποσό του ΦΠΑ που έχει χρηματοδοτηθεί κατά την περίοδο υλοποίησης των συγχρηματοδοτούμενων πράξεων από το ΠΔΕ και στη συνέχεια ανακτάται (συμψηφίζεται ή επιστρέφεται από την αρμόδια Δ.Ο.Υ., σύμφωνα με τις κείμενες περί ΦΠΑ διατάξεις), αποτελεί οφειλή προς το δημόσιο. Η οφειλή αυτή εκκαθαρίζεται κατά την ολοκλήρωση της συγχρηματοδοτούμενης πράξης.

Ο δικαιούχος υποχρεούται με το κλείσιμο κάθε ετήσιας οικονομικής χρήσης και μέχρι 31 Ιανουαρίου του επόμενου οικονομικού έτους να καταθέτει το ποσό του ΦΠΑ της συγχρηματοδοτούμενης πράξης, που έχει μέχρι τότε ανακτήσει (με συμψηφισμό ή αίτημα επιστροφής από τη Δ.Ο.Υ.) στο λογαριασμό «Αδιάθετα υπόλοιπα παρελθόντων οικονομικών ετών νομικών προσώπων», που τηρείται στην Τράπεζα της Ελλάδος.

Ο προσδιορισμός του προς κατάθεση, ανακτηθέντος από το φορέα, ποσού ΦΠΑ σε ετήσια βάση, υπολογίζεται με βάση την τελευταία Περιοδική Δήλωση ΦΠΑ του έτους ως ακολούθως:

i. Εάν από την τελευταία Περιοδική Δήλωση ΦΠΑ της περιόδου αναφοράς προκύπτει χρεωστικό ή μηδενικό υπόλοιπο, ο δικαιούχος έχει ανακτήσει το σύνολο του χρηματοδοτηθέντος ΦΠΑ της περιόδου αναφοράς.

ii. Εάν από την τελευταία Περιοδική Δήλωση ΦΠΑ προκύπτει πιστωτικό υπόλοιπο μεγαλύτερο ή ίσο προς το ύψος της χρηματοδότησης του μη επιλέξιμου ΦΠΑ, ο δικαιούχος του έργου δεν έχει ανακτήσει κανένα μέρος του χρηματοδοτηθέντος ΦΠΑ.

iii. Εάν από την τελευταία Περιοδική Δήλωση ΦΠΑ προκύπτει πιστωτικό υπόλοιπο μικρότερο από το ύψος της χρηματοδότησης του μη επιλέξιμου ΦΠΑ, ο δικαιούχος έχει ανακτήσει το ποσό που προκύπτει από την αφαίρεση [(συνολική χρηματοδότηση μη επιλέξιμου ΦΠΑ)-(πιστωτικό υπόλοιπο τελευταίας περιοδικής δήλωσης ΦΠΑ)].

Τα ποσά του ΦΠΑ των τιμολογίων της συγχρηματοδοτούμενης πράξης, που χρηματοδοτήθηκαν από το ΠΔΕ και τα οποία δεν έχουν επιστραφεί από το δικαιούχο σύμφωνα με την παράγραφο 2 και 3, εκκαθαρίζονται μετά την εξόφληση του τελικού λογαριασμού του αναδόχου κατά την έκδοση της απόφασης ολοκλήρωσης της πράξης.

Ο δικαιούχος, με την υποβολή της έκθεσης ολοκλήρωσης της πράξης, συνυποβάλλει στην αρμόδια αρχή διαχείρισης και κοινοποιεί στην αρμόδια για την παρακολούθηση των Συλλογικών Αποφάσεων Έργων υπηρεσία του φορέα χρηματοδότησης (κατά περίπτωση οικονομική ή άλλη οριζόμενη αρμόδια υπηρεσία Υπουργείου ή Διεύθυνση Αναπτυξιακού Προγραμματισμού της Περιφέρειας) την τελευταία περιοδική του δήλωση ΦΠΑ που έχει υποβάλλει στην αρμόδια ΔΟΥ όπου υπάγεται και στην οποία εμφανίζεται το χρεωστικό ή πιστωτικό του υπόλοιπο. Επίσης υποβάλλει τις τελευταίες περιοδικές δηλώσεις ΦΠΑ για καθένα από τα προηγούμενα έτη (από το 2012 και μετά).

Η αρμόδια αρχή διαχείρισης εκδίδει την απόφαση ολοκλήρωσης της πράξης, με βάση τα στοιχεία της παραγράφου 5 και το/α αποδεικτικό/ά κατάθεσης των ετησίως ανακτηθέντων ποσών. Με βάση τα στοιχεία αυτά προσδιορίζει στην απόφαση:

Οφειλή 1: Το ύψος του υπολοίπου ανακτηθέντος ΦΠΑ του φορέα για το τελευταίο (μη ολοκληρωθέν) έτος, που υπολογίζεται κατ’ αναλογία με την παράγραφο 3 έχοντας υπ’ όψη την τελευταία περιοδική δήλωση ΦΠΑ. Στο ποσό της οφειλής αυτής συνυπολογίζονται τα μη επιστραφέντα ποσά προηγούμενων ετών της παραγράφου 2 και τυχόν τόκοι από την καθυστερημένη επιστροφή τους. Το επιτόκιο που εφαρμόζεται είναι το επιτόκιο αναφοράς που ορίζεται, για κάθε ημερολογιακό έτος, από την Ευρωπαϊκή Επιτροπή για την Ελλάδα και δημοσιεύεται στην Επίσημη Εφημερίδα της Ευρωπαϊκής Ένωσης, σύμφωνα με τα οριζόμενα στο κεφάλαιο V του Κανονισμού (ΕΚ) 794/2004 της Επιτροπής. Στην απόφαση καθορίζεται ότι το ποσό της οφειλής αυτής πρέπει να καταβληθεί μέσα σε ένα μήνα από την παραλαβή της απόφασης ολοκλήρωσης.

Οφειλή 2: Το ποσό αυτό αποτελεί το υπόλοιπο του συνολικού χρηματοδοτηθέντος ποσού ΦΠΑ μετά την αφαίρεση του ήδη ανακτηθέντος. Στην απόφαση καθορίζεται ότι το ποσό της οφειλής αυτής πρέπει να καταβληθεί μέσα σε ένα έτος από την παραλαβή της απόφασης ολοκλήρωσης.

Η απόφαση ολοκλήρωσης αυτή, ως προς τα ανωτέρω υπόλοιπα οφειλής, αποτελεί τίτλο είσπραξης του Δημοσίου. Τα προς επιστροφή ποσά (οφειλές) κατατίθενται στο λογαριασμό «Αδιάθετα υπόλοιπα παρελθόντων οικονομικών ετών νομικών προσώπων», που τηρείται στην Τράπεζα της Ελλάδος. Η απόφαση κοινοποιείται στην αρμόδια (οικονομική) υπηρεσία του φορέα χρηματοδότησης του έργου.

Ο υπόχρεος φορέας οφείλει να κοινοποιήσει άμεσα στην αρχή διαχείρισης και στην αρμόδια υπηρεσία του φορέα χρηματοδότησης το αποδεικτικό κατάθεσης του κάθε οφειλόμενου ποσού. Εφόσον δεν καταβληθούν τα οφειλόμενα ποσά από τον δικαιούχο εντός των προκαθορισμένων προθεσμιών, η αρμόδια ΔΑ/ΕΦΔ/ΕΔΑ σε συνεργασία με την αρμόδια υπηρεσία του φορέα χρηματοδότησης βεβαιώνει το χρέος και συντάσσει χρηματικό κατάλογο προς την αρμόδια ΔΟΥ και στη Δ/ νση Δημοσίων Επενδύσεων του Υπουργείου Ανάπτυξης Ανταγωνιστικότητας & Ναυτιλίας. Η είσπραξη της οφειλής πραγματοποιείται σύμφωνα με τα προβλεπόμενα στον Κώδικα Είσπραξης Δημοσίων Εσόδων (ΚΕΔΕ).

Εάν ο δικαιούχος υλοποιεί με Προγραμματική Σύμβαση το έργο για λογαριασμό άλλου φορέα (κυρίου του έργου) τότε, εφόσον τα τιμολόγια έχουν εκδοθεί στο όνομά του, δεν υποχρεούται να υποβληθεί στην ανωτέρω προσδιορισθείσα διαδικασία εκκαθάρισης του χρηματοδοτηθέντος ΦΠΑ και δεν δικαιούται ανάκτησης ΦΠΑ για τα τιμολόγια αυτά ούτε ο δικαιούχος ούτε ο κύριος του έργου. Εάν τα τιμολόγια έχουν εκδοθεί στον κύριο του έργου τότε στη διαδικασία εκκαθάρισης υπάγεται ο κύριος του έργου.

Η ανωτέρω διαδικασία εκκαθάρισης πραγματοποιείται και για τις περιπτώσεις πράξεων των ανωνύμων εταιριών και των ΔΕΥΑ της παραγράφου β του άρθρου 1 της παρούσας, για τις οποίες έχει χρηματοδοτηθεί από εθνικούς πόρους του Προγράμματος Δημοσίων Επενδύσεων από το 1.1.2011 και μετά μέρος ή το σύνολο του μη επιλέξιμου ΦΠΑ.