Η πληρωμή των δαπανών του ΠΔΕ πραγματοποιείται μέσω ηλεκτρονικών εντολών, και ειδικότερα με την καταβολή του εντελλόμενου χρηματικού ποσού με χρήση τεχνολογιών πληροφορικής και επικοινωνιών (ΤΠΕ), παρεχομένου προς τούτο σχετικού αποδεικτικού. Κάθε ηλεκτρονική εντολή αποτελεί για την Τράπεζα της Ελλάδος εντολή πληρωμής και εκτελείται αυτόματα χωρίς παρεμβάσεις.
Η εντολή δίνεται από τον υπάλληλο του δημοσίου που έχει οριστεί υπόλογος διαχειριστής του λογαριασμού του έργου ή από εξουσιοδοτημένο προς τούτο υπάλληλο της αρμόδιας οικονομικής υπηρεσίας ή από το αρμόδιο προς τούτο εξουσιοδοτημένο εκπρόσωπο του οικείου νομικού προσώπου ή οργανισμού ή επιχείρησης (για τις ανάγκες της παρούσας υπεύθυνοι λογαριασμού).
Η πληρωμή των δικαιούχων διενεργείται σε βάρος των ειδικών τριτοβάθμιων λογαριασμών δημοσίων επενδύσεων που τηρούνται στην Τράπεζα της Ελλάδος για κάθε εκτελούμενο έργο. Την αποκλειστική ευθύνη για την πληρωμή των διακαιούχων εντός του προβλεπόμενου χρόνου (ν. 4152/13, Α 107, παρ. Ζ υποπαρ. Ζ5 «προσαρμογή της Ελληνικής νομοθεσίας στην οδηγία 2011/7/ΕΕ του Ευρωπαϊκού Κοινοβουλίου»), το σύνολο των ελέγχων για την πληρότητα των δικαιολογητικών και την τήρηση της προβλεπόμενης διαδικασίας έχει ο υπόλογος διαχειριστής του οικείου λογαριασμού έργου ή τα αρμόδια όργανα της οικείας οικονομικής υπηρεσίας ενώ για την ορθή έκδοση – αποστολή της ηλεκτρονικής εντολής ευθύνεται ο υπεύθυνος λογαριασμού. Ο δικαιούχος της πληρωμής δηλώνει στον υπόλογο - διαχειριστή τον αριθμό του τραπεζικού λογαριασμού του σε μορφή IBAN προσκομίζοντας σχετικά αποδεικτικά στοιχεία (αντίγραφο βιβλιαρίου ή άλλο αντίστοιχο έγγραφο της οικείας τράπεζας).